El Hospital Real de La Almedina se mantuvo en pié después del terremoto de 1522, pero no resistió los daños, debido a la vejez de la casa musulmana sobre la que estaba instalado.El 13 de Abril de 1547 se comienza a construir , por decisión de el celebre obispo fray Diego Fernández de Villalán el nuevo hospital en el emplazamiento actual. Las obras las llevo a cabo como maestro Hernando de Salinas. El 7 de Junio de 1552 se celebra la primera misa en la sala principal. El primer médico fue el doctor Villalobos, y los primeros enfermos fueron trasladados desde el Hospital de La Almedina.Las habitaciones de la planta baja se utilizaron hasta el siglo XVII como almacén de granero de las Fábricas del obispado, hasta que se necesitaron para alojar 14 soldados de Melilla enfermos, y se trasladó el granero a la plaza del Granero.En 1630 y 1631, debido a la necesidad de ingresar para su cura al obispo fray Antonio de Viedma y Chaves en el hospital, se le acomodaron unas habitaciones, y los enfermos fueron trasladados a una casa de la Calle Real. Volvieron al hospital cuando murió el obispo.Durante algunos años (1733 a 1776), el control del hospital fue disputado por la iglesia, el gobernador militar Marqués de la Florida, y otros interesados. En 1810, los franceses ocuparon el hospital. En los años 20, había diferentes espacios en el Hospital. La leprosería, el pozo de apósito, el lavadero, la sala de estufas, la sala de Cirugía, la Sala de San Cristóbal. A la derecha de la fachada del edificio se abría una un orificio semicircular con una compuerta de hierro, que le llamaban torno, y que se dejaba abierta por la noche para que pudiera acceder el enfermo.Al entrar al patio interior, Amador Díaz, practicante de la época lo describía así: "..Al entrar al espacioso patio, sentados en unos bancos de piedra que separan los corredores del despoblado jardín que en el centro existe, se ven en separados grupos a varios individuos harapientos, de caras famélicas, agobiados por el mal que padecen; jóvenes decrépitos de acullá, marchan macilentos, pensando sin duda en la desgracia fatal de su destino. La leprosería, se encontraba bajo el piso de Santa Rosa (así se llamaba la sala de urgencias), y se accedía bajando por unas escaleras polvorientas Aquello debía ser terrible tanto por su aspecto como por lo que allí se observaba.

El Pozo de apósito; saliendo de la leprosería y accediendo por un pequeño portón se entraba en un corralón en el que había un pequeño pozo de boca ennegrecida y que era el tragadero del apósito del hospital. Este pozo desprovisto de tapa alguna desprendía un olor insoportable y era un foco de propagación de enfermedades. El Lavadero; grandes pilas cubiertas de moho verdoso, exterior e interiormente llenas de un líquido sucio y espumoso.Varias mujeres zapateaban en las desgastadas piedras de las pilas unos vendajes cuyo color gris-amarillo era tan peligroso para aquellas mujeres que algunas se habían quedado ciegas, otras padecían conjuntivitis o tracomas. La Sala de estufas; esta sala, semejante a una especie de molino, estaba destinada a la desinfección. Sin embargo la lejiadora que había en su interior apenas se utilizaba para desinfectar, solo se usaba para exhibirla en las grandes solemnidades... La Sala de Cirugía o la Sala de San Cristobal para mujeres, carecían de las medicinas que el profesor de sala ordenaba, hasta el punto de que el mismo, D. Francisco Rivas Cravioto, costeaba de su propio bolsillo las inyecciones y medicinas que necesitaban aquellos pobres enfermos.

Imagen del interior de los pasillos del Hospital Provincial décadas atrás