Al poco de ser sofocada en Almería la sublevación militar del ejército franquista, se produjo una persecución religiosa sin precedentes en nuestra provincia. Las represalias contra los rebeldes fueron inmediatas. Comenzaron las detenciones, el expolio de iglesias, destrucción irreparable de valioso patrimonio artístico religioso y todo lo relacionado con las ideologías reaccionarias vinculadas a la derrocada monarquía y a la derecha tradicionalista. La represión indiscriminada en la retaguardia republicana tras el fracaso del alzamiento sería protagonizada inicialmente por el llamado Comité de Presos y el Comité Central Antifascista, concluyendo con la toma de posesión del Gobernador Civil Gabriel Morón, con un total de 465 caídos, de las cuales hubo dos obispos, 84 sacerdotes, siete hermanos de las escuelas cristianas, cinco dominicos, tres jesuitas, dos operarios diocesanos, un franciscano y un sacristán así como seglares de acción católica y adoración nocturna.

De todo ello da testimonio la denominada Causa General por "los hechos delictivos cometidos en todo el territorio nacional durante la dominación roja". Conteniendo 1850 cajas dobles, la Causa General Informativa está formada por 11 piezas, la penúltima de la cual se dedica a la persecución religiosa, sacerdotes y religiosos asesinados y conventos destruidos o profanados. Todo respondía a un plan anarquista preconcebido de eliminación total de la iglesia católica.

Siguiendo el ensayo de María Isabel García Sánchez La destrucción Artística de Almería en la Guerra Civil: Imágenes de Tradición Almeriense conoceremos que durante la contienda el interior de la Catedral de la Encarnación fue saqueado. En la capilla de San Indalecio se encontraba su imagen, de Salcillo, que fue quemada con su camarín y retablo. Igual suerte corrieron el Santo Cristo de la Escucha y su retablo barroco, el retablo del Salvador con la imagen en altorrelieve y la pequeña talla de la Virgen de la Piedad, de gran devoción, rodeada de cuatro cuadros de Alonso Cano, siendo el dedicado a San Antonio de Padua y el Ecce Homo también desaparecidos. Los relieves en mármol de prohombres de la Iglesia que se encuentran en los púlpitos fueron mutilados por los culatazos de los milicianos y así se conservan al día de hoy.

La Iglesia de Santiago también fue saqueada e incendiada durante la Guerra Civil. El templo albergaba una impresionante imagen de la dolorosa, atribuida por algunos a José de Mora o alguien de su escuela y por otros al murciano Salcillo. Desapareció al igual que la figura de San Juan Evangelista, su paso procesional, siendo salvado tan solo de la voracidad de las llamas el manto bordado en oro y su corona, así como la artística vestimenta de San Juan. Una tabla con la imagen del Perpetuo Socorro muy venerada también se perdió para siempre.

Incendiada la Iglesia de San Pedro en 1.936, fue destruido el camarín de la capilla mayor que custodiaba la representación de San Pedro, atribuido por fray Gabriel Olivares al mismísimo Salzillo, si bien otros expertos se la adjudican a Cornejo en el siglo XVIII. Lo mismo ocurrió con una bellísima imagen de la Purísima Concepción en su capilla que bien pudiera salir de las manos de Cano y la Virgen de los Remedios datada en el siglo XVII y su rico retablo barroco. Siempre fueron veneradas con gran devoción en San Pedro la Virgen de los Dolores, la imagen de San Juan Evangelista y el Cristo Yacente en su urna, que salían en procesión de la Cofradía del Santo Sepulcro la tarde noche del Viernes Santo. Pues bien, el trono (estrenado en 1926 tras ser tallado por Navas Parejo en madera con pan de oro), la urna del Santo Sepulcro, la imagen del Cristo Yacente y de San Juan Evangelista (atribuido por Martínez de Castro a Martínez Montañés) que lo acompañaba fueron violentados en la contienda. También se perdió para siempre la original Virgen de los Dolores y su bello trono de caoba y plata estrenado en 1931, salvo una parte de los apliques plateados del paso que pudieron recuperarse.

De las llamas del Convento de Las Claras que prendieron las hordas descontroladas el 21 de julio del 36, no pudo salvarse tampoco una magnífica imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno camino del calvario con su pesada Cruz a cuestas, adjudicada al insigne Salzillo. Este titular cristífero de la Cofradía de igual nombre fundada en 1928 salía en procesión el Miércoles Santo acompañado por la Virgen de la Amargura, que también ardió en la pila junto a una Virgen del Carmen salida de los tallares de idéntico tallista murciano. El Altar Mayor y el retablo de Las Claras quedaron reducidos a cenizas y como pérdida irreparable encontramos a un crucificado de tamaño natural, que según nos cuenta fray Gabriel Olivares era el mejor crucificado de Almería, que pudo salir de Pablo Rojas.